因为繁重的学业,已经很久没有更新生信的内容了,十分惭愧。近日在本地电脑上运行bismark时,出现了奇奇怪怪的报错,虽然最后的解决办法是重装bowtie2,但还是记录一下错误类型和在哪里获取的bowtie2是完好无损的。

【报错过程】

在进行bismark_genome_preparation步骤时

报错内容

进一步发现,不是bismark的问题,而是bowtie2里面bowtie2-build的问题,在试图原地解决无效后,我们选择了用conda卸载和重装bowtie2

然而,坑人的地方在于,从conda安装的bowtie2还是坏的,这让我怀疑是不是python2的问题【不是】

【解决办法】

https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/

从该网站下载的bowtie2是最新的,且是完好的,该网址是由bowtie2手册里推荐的

http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml#obtaining-bowtie-2

最后就是把bowtie2添加到环境里,再source一下bash_profile文件就好了

文章来源于互联网,如有雷同请联系站长删除:bowtie2报错的处理办法

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